
Prof. Samaun Samadikun mengambil sabbatical leave ("cuti dari mengajar") dari ITB untuk menerima jabatan pada pemerintah pusat sebagai Direktur Binsarak DIKTI (1973-1978), Dirjen Energi, Departemen Pertambangan dan Energi (1978-1983), dan ketua Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) (1989-1995). Selepas masa jabatan di LIPI, Prof. Samaun Samadikun memutuskan untuk kembali ke ITB untuk mengajar di Departemen Teknik Elektro dan meneliti di PAU Mikroelektronika. Dalam periode ini ia tetap aktif sebagai Wakil Ketua Dewan Riset Nasional (1993-1996) dan Komisaris Utama PT Lembaga Elektronika Nasional (LEN) (1993-1999). Meskipun kemudian resmi pensiun dari pegawai negeri sipil di Departemen Teknik Elektro, Prof. Samaun Samadikun tetap diminta untuk aktif dan berkegiatan baik di Departemen maupun di PAU Mikroelektronika (yang saat itu berganti nama menjadi PPAU Mikroelektronika). Bahkan sejak tahun 2001 hingga akhir hayatnya PPAU Mikroelektronika ITB menetapkannya sebagai peneliti senior.
Selain menjabat sebagai pimpinan, ia juga anggota Persatuan Insinyur Indonesia (PII). PII memberikannya penghargaan Adhikara Rekayasa tahun 1984. Ia juga memperoleh penghargaan medali Pengabdi Ilmiah Nasional (1978), dan Medali Mahaputra Utama (1994) dari pemerintah Indonesia. Samaun Samadikun juga memperoleh "The 1998 Award of the Association of South Eastern Asian Nations (ASEAN)" untuk menghargai dedikasinya pada dunia ilmu pengetahuan. Penghargaan tinggi lainnya yang diterimanya adalah Satya Lencana Karya Satya Kelas I, Hadiah Ilmu Pengetahuan 1979, Satya Lencana Dwidyasistha 1983 dari Menhankam/Pangab, dan "Meritorious Service Award", ASEAN COST, 1999.
Pada tahun 2004, Prof. Samaun Samadikun mulai menderita sakit namun berhasil menjalani operasi di Perth Australia Oktober 2004. Sekembalinya dari Perth, ia kembali aktif seperti sediakala. Namun penyakit yang sama kembali menyerangnya pada bulan September 2006. Setelah dirawat beberapa lama, ia wafat tanggal 15 November 2006 pukul 9.51 di Rumah Sakit MMC Kuningan Jakarta dan dimakamkan sehari berikutnya di Taman Makam Pahlawan Kalibata setelah disemayamkan pagi harinya di LIPI Jakarta. Wafatnya Prof Samaun Samadikun menjadi peristiwa dan berita nasional. Pada hari Selasa, 11 Desember 2008, LIPI mengadakan acara peluncuran buku sebagai salah satu usaha untuk mengenang Samaun Samadikun. Buku setebal 253 halaman ini diterbitkan oleh LIPI Press. Berisi kumpulan tulisan-tulisan dari orang-orang yang pernah dekat dengan Samaun Samadikun semasa hidupnya. - Puisi Petani Silikon